Dimora cinquecentesca nel cuore di Ferrara
Borso d’Este fa erigere il palazzo in Via della Rotta e lo dona a Peregrino Pasini detto “Pigoccino”, suo cavaliere.
Il palazzo viene confiscato al Pasini e dato ad Alberto d'Este.
Il papa Giulio II si impadronisce di Bologna (1506) e la famiglia Bentivoglio viene scacciata dalla città. Annibale II Bentivoglio fugge a Ferrara. Nel 1546 "Cornelius de nobilli stirpe de Bentivolis de Bononia...solitus habitar Ferrariae in c.ta S.ta Justina" (il convento di Santa Giustina era ubicato in via della Rotta, ora via Garibaldi).
Nel 1560, il Palazzo “posto da San Domenico” (vicino a San Domenico), viene acquistato per un valore di 4600 scudi da Giulia Boiardo Turchi Malaspina, la quale, tre anni dopo, nel 1563, con atto di donazione, stabilisce che la metà dei suoi beni (incluso il palazzo) entri a far parte dell’eredità di Ippolito Bentivoglio, figlio primogenito di Cornelio.
Nel 1565 iniziano dei lavori di riparazione dell'edificio la cui struttura venne consolidata entro il 1570.
Il principale finanziatore dei lavori fu Cornelio.
Nel 1570 un violento terremoto colpisce Ferrara distruggendo buona parte della città. Il palazzo si salva grazie agli interventi degli anni precedenti, in particolare l’aggiunta di tiranti e di catene all'interno della muratura.
Nel 1578 il palazzo diventa definitivamente proprietà dei Bentivoglio.
Dopo il terremoto vengono intrapresi nuovi interventi di consolidamento e decorazione del palazzo, in particolare tra il 1583 e il 1585 prende forma la facciata attuale, per l'annunciata visita di Papa Gregorio XIII in città.
Nel 1636 viene attuata una serie di interventi tra cui l’aggiunta di una galleria.
Nel 1682 il palazzo viene danneggiato da un incendio.
Tra il 1723 e il 1727 viene avviata una nuova campagna di restauri, commissionata dal cardinale Marco Cornelio Bentivoglio D'Aragona.
Nel 1796 durante la Prima Campagna d’Italia, Napoleone soggiornó nel palazzo per una notte.
All’inizio del secolo vengono annessi al palazzo alcuni edifici adiacenti, che comportarono delle modifiche strutturali.
Nel 1883 il palazzo viene occupato dalle Giusdicenze Criminale e Civile.
Nel 1945, in seguito al bombardamento del palazzo della Ragione, viene destinato a sede del Tribunale, e tale rimarrà fino al 1985.
Nei primi anni ‘90 viene acquistato dalla Società "Corallo s.r.l." che ne finanzia il restauro,
su progetto dagli architetti Roberto Rosina e Dida Spano, e lo adibisce ad abitazioni private.